Esta apresentação irá discutir a ideia de subjetividade e auto-referência e suas implicações no processo ensino-aprendizagem de ciências naturais considerando o arcabouço teórico da semiótica de Charles Sanders Peirce (1839-1914). O fenômeno da subjetividade é acentuado pela auto-referência, isto é, o fato de observar, perceber e pensar o mundo de acordo com a interferência da cultura, educação, experiências adquiridas e a história biológica de cada um. Nesse sentido, a apresentação e a representação dos fenômenos aparecem como uma tentativa de amenizar os efeitos da subjetividade e da auto-referência nas salas de aula.